想要搞好学术研究，就离不开写论文。现在随着网络和计算机技术的发展，论文也就不单单是paper，几张纸，那么简单。文献已经成为一个系统，所以文献的收集和整理也变成了一个系统的工作。而利用网络和计算机技术来收集整理文献，在论文写作的时候可以起到事倍功半的作用，从而提高工作效率，空余出时间来提升生活质量。
————一些废话可以略过
我知道有个朋友，下载了好几个G的文献，用几十个文件夹分类。这种精神我很敬佩，但是这样的方式非常不方便，如果突然想要看一篇文章又忘记了在哪个文件夹，题目是什么，要把它找出来就非常不方便了。还有一个朋友，想搞好学术，开始下载国外学术论文软件，发现可以有交流的功能，自诩要与国外学者侃侃而谈。然而轮到自己写论文时连文献下载都有困难重重，看两篇文献后开始百度百科。。。
可见平时的积累很重要，科学的方法也很重要。
这几天学习整理这方面的资料也是搞神经了，国外也有很多科研工具1我把我的一些方法放在这里。之后随时更新。
文献收集整理
国内文献资料收集
国内文献下载就知网，其他的我都没有用，怎么下载我也不太清楚（我都是用的学校的图书馆），反正用百度学术就好了。
国外文献资料收集
其实国内的学术态度大家都懂，论文大多都比较翔。前端的，有价值的文献还是在外文期刊中。 外文期刊搜索引擎可以使用：
百度学术——在这里我要给百度学术点个赞，有可以直接下载的连接，感觉比Google好用。
Google学术(打不开的同学请科学上网)
SciHub——SCI文献下载第一站,扫除一切学术障碍，俄国朋友真心牛逼。
PubMed——医学文献数据库（这里吐槽一下学校图书馆的PubMed连接出问题了，竟然好久都不知道，直到一个外聘的教授查文献才发现。。。）
虫部落学术搜索——国内做的包含许多文献库，界面丑陋无比。
Researchgate——相当于学术界的Facebook，大家把自己的文章发布到上面可以相互讨论，有些文章提供下载。
文献资料整理
文献资料整理主要是方便文献的查找阅读和引用。利用文献管理软件来完成。在写作时，把你的文献导出bib.格式可以很方便的插入到你的文章参考文献处。如果一个一个的插入会手残的吧。
NoteExpress——国内的文献管理系统，因为国外的文献管理系统大多不支持中文所以，校园网内可以免费使用。管理国内的文献还是支持中文的好用。
EndNote——国外的文献管理软件，在国内很多人用，但是我不喜欢。
Mendeley——本人使用感觉良好，界面美丽。有2G的云同步，支持Windows，IOS，电脑手机可以同步在线看文献，导出文献，做笔记。只是不能下载文献，需要上传自己的文献PDF到云，但是我有SciHub怕什么呢？
Zotero——国外的很多同志喜欢，我没有用过。
论文写作
如果就是喜欢用word写作完了后改格式我也没有什么好说的，但是一边修改格式一边写作的话就会使效率非常低下。
我的方法是使用Markdown+Pandoc+GitHub。Markdown本身的哲学思想就是专注于写作，这是 一种非常好的写作方式，去除格式的干扰，只用码字。另外Markdown也可以快速插入数学公式、表格、图片、和参考文献（.bib）。Pandoc是和Markdown相配套，让Markdown用于生成其他的文本格式，如HTML，Docx，LaTex，Pdf等等。这样的好处在与写完之后在各种平台上相互转化。比如文章写好后要修改，就转成Docx；上传到博客就用Markdown，或者HTML；有些时候有LaTex的模板，就转为Pdf（但是LaTex制作起来就不那么容易了）。GitHub是用于分享代码的网页，但是现在越来越强大，连这个博客都是建立在GitHub上。GitHub在对于论文写作的好处在于可以实现合作编写文档并能够很好的进行版本控制。
Conversion. I am still chasing the « One file to rule them all » dream: one master file for all kind of outputs, from PDF to html, xml, and so on. I became of big fan of Markdown (a very simple markup language) for the first draft, and am seriously considering it as my master format, relying on Pandoc (free) for all the conversions.
Solutions for collaborative writing. As soon as you are not alone on a writing project, you have several options to collaborate. And no, emailing the files back and forth to your colleagues is not a suitable option. Depending on your colleagues and your geekiness level, you have many options, including Google Docs (excellent for comments and review mode), GitHub in combination with Markdown, Overleaf (free)(for LaTeX fans), etc. Bonus point for Mendeley for automatically populating your library with the references cited in the file you received and not in your library yet. Very useful.
参阅Sylvain Deville 的blog有详细的介绍2，也可以看看杨志平的网站3。
在这里我推荐两个Windows的Markdown编辑器（因为我只有Windows(ㄒoㄒ)）。
- Atom ——在Github上使用最多的编辑器，非常多的插件。其中Markdown的插件也是非常的厉害。
- Typora——界面简洁美观，有Focus Modle和Typewriter Modle并且可以直接导入Docx，导出Docx、Pdf、LaLex。"
还有两个写论文非常好的在线工具：
Madoko——非常像Markdown版本的word，功能很强，可以类似word操作排版！
authorea——一个使用Markdown写作，类似GitHub分享后让大家审阅修订的网站，可惜没有几个中国人。
写作流程
运用这个流程现在已经可以运作了。使用Markdown可以实现多种格式的转换，当然用的最多就是Docx，不过要Pdf的话不能直接转换，因为Pdf排版是很麻烦的一件事，Latex虽然是排版之王但是还是太复杂了，因为还要用到code。想要用，好除非安心花一点时间去学习。
总结一下
但是毕竟用Markdown来进行论文写作的人还是不多，用GitHub来进行版本控制的人也不多。大多数人都是word一直用到底，毕竟是小众啊，毕竟是Geek啊。其实word能用好也是很快速的，Markdown的好处就是代码，更加简洁，不要想排版，让写作更加专注于内容。其实我的初衷是找一个写论文和写post可以相互转化的平台，所以找到了Markdown。
